Die Behandlung der Baker-Zyste kann entweder konservativ oder operativ erfolgen. Die konservative Therapie schließt eine antientzündliche medikamentöse Therapie (Ibuprofen, Diclofenac) und auch eine Punktion der Zyste ein. Bei der operativen Therapie wird in der Regel die gesamte Zyste über einen recht großen Hautschnitt in der Kniekehle freigelegt und an ihrer Wurzel (Kanal ins Kniegelenk) unterbunden und dann abgetrennt. Auf Grund der Radikalität des Eingriffs muss man nach der Operation mit den üblichen Komplikationen chirurgischer Eingriffe in sensiblen Regionen (Kniekehle) rechnen.
Die kathetergestützte bipolare Thermoablation (RFITT) der Baker – Zyste ist ein weltweit in nur wenigen Zentren im klinischen Einsatz befindliches Verfahren zur endozystischen minimalinvasiven Thermoablation von Kniegelenkzysten. Es wurde 2009 von SAPHENION in den klinischen Alltag eingeführt.

Baker’s cyst can be treated either conservatively or surgically. Conservative treatment includes anti-inflammatory medication (ibuprofen, diclofenac) and a puncture of the cyst. In surgical treatment, the entire cyst is usually exposed via a fairly large incision in the hollow of the knee and its root (canal into the knee joint) is cut off and then removed. Due to the radical nature of the procedure, the usual complications of surgical procedures in sensitive regions (popliteal fossa) must be expected after the operation.
Catheter-assisted bipolar thermal ablation (RFITT) of the Baker cyst is a procedure for endocystic minimally invasive thermal ablation of knee joint cysts that is in clinical use in only a few centers worldwide. It was introduced into everyday clinical practice by SAPHENION in 2009.